Galaxy ist eine quelloffene, webbasierte Plattform für datenintensive biomedizinische Forschung. Die Plattform macht Bioinformatik-Anwendungen für Benutzer*innen ohne Programmierkenntnisse zugänglich und ermöglicht, auf einfache Weise Parameter für die Ausführung von Tools und Arbeitsabläufen festzulegen. Galaxy ermöglicht online-Zugang zu einer leistungsstarken Analyseinfrastruktur und reproduzierbare und transparente Datenanalyse. CIBSS-Forscher Dr. Björn Grüning ist Teil des Freiburger Galaxy Teams und stellte das Projekt im Rahmen der GloBIAS-Seminarreihe vor.
Ein Bericht von Riccardo Massei.
Die GloBIAS-Seminarreihe zur BioImage-Analyse (BIA)
Die GloBIAS Seminarreihe bietet eine dynamische Plattform für Bioimage-Analyst*innen, die den gemeinschaftlichen Austausch über die neuesten Entwicklungen auf dem Gebiet und Interaktion zwischen den Teilnehmer*innen fördert. Die Seminare richten sich an fortgeschrittene und erfahrene Bioimage-Analytiker*innen und konzentrieren sich auf praktische, über die Grundlagen hinausgehende anspruchsvolle Inhalte.
Am 26. Februar veranstalteten Beatriz Serrano-Solano, Anne Fouilloux, Leonid Kostrykin und Riccardo Massei das Webinar „Image analysis using Galaxy“, bei dem sie die Galaxy Image Analysis Community und deren Aufgabe, die Entwicklung von FAIRen und reproduzierbaren Bildanalyse-Workflows voranzutreiben, vorstellten.
Galaxy als webbasierte, zugängliche, reproduzierbare und transparente Plattform für die Bildanalyse
Zu Beginn des Seminars wurden die Möglichkeiten bei der Integration gängiger Bildanalysetools, interaktiver Umgebungen und Notebooks untersucht, die Galaxy zu einer vielseitigen Webplattform für die Bildverarbeitung machen. Die Seminarteilnehmer*innen erhielten einen Überblick über die vorhandenen Bildanalysetools, die webbasierte Benutzungsoberfläche und den Aufbau des Workflows. Dabei wurden Eindrücke für den möglichen Einsatz von Galaxy in der Bildverarbeitung und -analyse deutlich. Es folgte ein Überblick über die Schulungsmaterialien und das Galaxy Training Network.
Galaxy-Live-Demos
Während der Live-Demonstration wurden verschiedene Galaxy-Funktionen für die Bildanalyse vorgestellt. Am Anfang stand die Demonstration eines Workflows für grundlegende Bildanalyseaufgaben, einschließlich Bildvorverarbeitung und Bildverbesserung, Segmentierung und Merkmalsextraktion. Dieser Workflow veranschaulichte, wie man mit den Galaxy-Tools interaktiv eine reproduzierbare Bildanalyse-Pipeline erstellt, speichert und auf einer großen Anzahl von Bildern reproduzierbar ausführt.
Anschließend wurde dieselbe Analyse mit Jupyter Notebook als interaktivem Tool innerhalb von Galaxy wiederholt. Die Demonstration zeigte, wie mithilfe eines interaktiven Tools innerhalb von Galaxy eine ähnliche Analyse außerhalb eines Arbeitsablaufs durchgeführt werden kann. Auch die Installation von Python-Bibliotheken, die für die Analyse geeignet sind, und die Konvertierung der endgültigen Ausgabe in ein OME-Zarr-Format waren Teil der Demonstration.
Abschließend wurden die Möglichkeiten für Bilddatenmanagement und interaktive Visualisierung in Galaxy und die Funktionen der OMERO-Suite vorgestellt. Die Plattform verbindet Bildanalyse mit Datenmanagement, indem sie Bilder automatisch auf einen OMERO-Zielserver überträgt. Auch die Funktion, Daten direkt aus IDR mit dem kürzlich entwickelten Vizarr-Tool zu visualisieren, wurde veranschaulicht.
Nachbereitung der Sitzung
In der abschließenden Diskussion zeigten die Teilnehmenden großes Interesse an dem Webinar und stellten zahlreiche Fragen an die Referen:innen. Ein Überblick über dieses Q&A ist auf image.sc veröffentlicht.
Die vollständige Präsentation ist auf Zenodo verfügbar.